W śledztwie toczącym się od 2008 roku głównym oskarżonym jest Marek P. - były funkcjonariusz SB - który był pełnomocnikiem instytucji kościelnych w sprawach toczących się przed Komisją. Inny oskarżony to ksiądz Mirosław P., główny ekonom katowickiej archidiecezji.
Pozostali oskarżeni to świeccy członkowie Komisji. Prokuratura postawiła im zarzuty oszustwa, wręczania korzyści majątkowych, przyjęcia mienia znacznej wartości, fałszowania dokumentów i działania na szkodę Skarbu Państwa. Działki były zabierane gminom na niejawnych posiedzeniach, a ich wycena była zaniżana przez rzeczoznawców komisji. Później - już po przejęciu - cena nagle rosła do rynkowej i grunty były sprzedawane.
- Wartość nieruchomości była faktycznie wyższa od tej wartości, która była ujęta w operatach, które były przedkładane zespołom orzekającym. Zebrany materiał dowodowy daje podstawy do przyjęcia, że to działanie było zamierzone - mówił Radosław Woźniak z Prokuratury Okręgowej w Gliwicach.
Oskarżeni nie przyznają się do winy. Ich obrońcy dowodzili, że członkowie komisji nie mieli obowiązku dbać o interesy Skarbu Państwa. Dlatego pawie wszyscy wnosili o umorzenie postępowania. Sąd na to jednak się nie zgodził.
Komisja Majątkowa od 1989 roku zajmowała się zwrotem i przekazaniem Kościołowi majątku odebranego przez władze PRL. Wciągu ponad 20 lat działalności, przekazała duchownym majątek o wartości około 5 miliardów złotych. Została zlikwidowana w marcu 2011 roku.
