W więzieniu i łagrze
W 2005 r. sąd skazał Chodorkowskiego na pobyt w kolonii karnej. Pierwotnie miał spędzić w więzieniu 13 lat, ale wyrok skrócono o dwa lata. Chodorkowski został zesłany do uranowej kolonii IK-10 w Krasnokamieńsku.
Jeszcze w areszcie Chodorkowski zrezygnował z funkcji szefa Jukosu, nie uratowało to jednak spółki przed kłopotami. Pod koniec 2004 r. na licytacji sprzedano, znacznie poniżej realnej wartości, największe złoże Jukosu - Jugansknieftiegaz. Przejął je Rosnieft, państwowa kompania naftowa. Dwa lata później Jukos został ogłoszony bankrutem.