Tylko nieodliczalny VAT może być sfinansowany z unijnych funduszy

Wątpliwości, czy kwota VAT związanego z wydatkami, które mogą być finansowane ze środków funduszy europejskich, również jest objęta pomocą, wynikają z tego, że w tym wypadku należy stosować przepisy z dwóch dziedzin prawa:
- prawa funduszy europejskich (w znacznej części stosowanego bezpośrednio) oraz
- krajowego prawa podatkowego.

Prawo europejskie dotyczące funduszy strukturalnych i Funduszu Spójności stanowi, że „możliwy do odzyskania podatek od wartości dodanej” nie jest kwalifikowany do wsparcia z danego funduszu. Przepisy polskiej ustawy o VAT z kolei nie operują pojęciem „odzyskanie podatku VAT”, lecz mowa jest w nich o „prawie do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego” (zob. art. 86 ustawy).

Te różnice definicyjne należy wyjaśnić tak: „odzyskanie” podatku oznacza odliczenie go od podatku należnego lub ewentualnie zwrot według zasad określonych w ustawie o VAT, z uwzględnieniem przepisów dyrektywy 2006/112/WE.

Beneficjent pomocy unijnej może mieć problem z określeniem, jakie zakupy nie dają mu prawa do odliczenia. Po pierwsze, prawo to przysługuje w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych (art. 86 ust. 1 ustawy o VAT). Wykładnia tego przepisu zgodna z orzecznictwem Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości wskazuje, że między podatkiem naliczonym i transakcją opodatkowaną powinien istnieć bezpośredni związek. Jednak ETS stwierdził również, że brak bezpośrednio powiązanej transakcji opodatkowanej nie musi zawsze prowadzić do zakazu obniżania podatku należnego. Jeżeli wydatek może być zaliczony do tzw. kosztów ogólnych i ma charakter cenotwórczy dla podatnika, to podatek naliczony związany z tym wydatkiem może również obniżać podatek należny.

Po drugie, przyjmuje się, że prawo do obniżenia podatku należnego nie musi być realizowane tylko w odniesieniu do czynności opodatkowanych, które zostaną wykonane w tym samym momencie. Możliwe jest bowiem obniżanie podatku należnego o naliczony, który nie wykazuje bezpośredniego związku z czynnościami opodatkowanymi wykonanymi w tym samym czasie, ale z całokształtu okoliczności wynika, że towary i usługi zostały zakupione w celu wykorzystania do działalności gospodarczej.

Beneficjent wraz ze złożeniem wniosku o dofinansowanie składa oświadczenie, w którym deklaruje, czy w ramach realizowanego projektu będzie miał możliwość odzyskania kosztu VAT poniesionego w związku z realizacją projektu. Jeżeli uzna w momencie składania tego oświadczenia, że nie przysługuje mu prawo do odliczenia tego podatku, ale w przyszłości się to zmieni (np. ze względu na zmianę przeznaczenia towaru, który beneficjent początkowo zakwalifikował jako nieprzeznaczony do wykorzystania w działalności opodatkowanej), będzie zobowiązany do zwrotu sfinansowanej w ramach projektu części VAT. I to nawet gdy nie sporządzi stosownych korekt deklaracji VAT. Należy bowiem przyjąć, że prawo do odliczenia powstaje niezależnie od spełnienia określonych formalności.

Zwrot uzyskanej pomocy lub zmiana sposobu jej rozliczenia w trakcie projektu mogą być konieczne również, gdy beneficjent stwierdzi, że zaniżył kwotę VAT naliczonego do odliczenia lub zawyżył wartość podatku naliczonego, który został zaplanowany jako niepodlegający odliczeniu. Może tak być choćby w wypadku korekty podatku naliczonego (in plus) wynikającej ze stosowania wskaźnika zgodnie z art. 90 ust. 2 – 5 i art. 91 ustawy o VAT (wykazywanej w deklaracji podatkowej za pierwszy okres rozliczeniowy kolejnego roku). Może też być spowodowana błędnym przyjęciem zakazu odliczenia podatku naliczonego (np. gdy beneficjent złoży korekty dotyczące podatku naliczonego od paliw do samochodów w wyniku orzeczenia ETS w sprawie Magoora).

Może też być tak, że to kontrahent podatnika skoryguje podatek należny. Przykładowo dostawca wystawi fakturę korygującą, w której zastosuje stawkę obniżoną, bowiem błędnie przyjął wcześniej, że transakcja powinna być opodatkowana stawką podstawową. Natomiast beneficjent pomocy uznał, że ten podatek nie obniża podatku należnego, i tym samym w błędnej wysokości go zadekretował jako wydatek kwalifikowany (korekta z „100+22” na „100+7”). Przykładów można znaleźć wiele, bo praktyka pokazuje, że w istotę stosowania przepisów o VAT wpisane jest popełnianie błędów, co u podatnika będącego beneficjentem środków pomocowych będzie często powodować nieprawidłowości w rozliczeniach.

Na koniec warto dodać, że do oceny prawidłowości kwalifikacji podatku naliczonego jako obniżającego lub nieobniżającego podatek należny uprawnione są odpowiednie organy podatkowe i kontroli skarbowej oraz sądy administracyjne. Instytucje zarządzające i pośredniczące w realizacji programów operacyjnych takich kompetencji nie mają. Mogłyby jednak żądać odpowiedniej korekty sposobu rozliczenia projektu, reagując np. na składane przez beneficjenta korekty deklaracji bądź na decyzje wydane w postępowaniu podatkowym lub orzeczenia sądów wydane w sprawach podatkowych.

Rafał Iniewski
Autor jest radcą prawnym, partnerem w In Corpore Banach Iniewski Stradomski