Nie wydaje się być zasadnym stanowisko Ministerstwa Finansów odmawiające prawa do przedmiotowego zwolnienia w sytuacji, gdy źródłem otrzymywanych dochodów są fundusze strukturalne Unii Europejskiej (zob. pismo Ministra Finansów z 30.08.2006 r. oraz odpowiedź podsekretarza stanu w Ministerstwie Finansów w sprawie opodatkowania wynagrodzeń za pracę finansowaną z funduszy unijnych z dnia 22.08.2008 r.). Powyższe tłumaczono tym, iż w przypadku projektów, w które zaangażowane są fundusze strukturalne, to z funduszy tych refundowane są wcześniej poniesione z publicznych środków krajowych wydatki. Miałoby to przesądzać o krajowym, a nie zagranicznym pochodzeniu otrzymywanych środków. Wskazana teza została zakwestionowana przez szereg orzeczeń sądowych. Naczelny Sąd Administracyjny w Warszawie w wyroku z dnia 16.09.2008 r. (sygn. II FSK 874/07) przyjął, iż: „Sposób wypłaty środków finansowych pochodzących z bezzwrotnej pomocy Unii Europejskiej jest kwestią techniczną, która nie ma znaczenia dla stosowania zwolnienia
od podatku dochodowego od osób fizycznych, przewidzianego w art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych. W tym wypadku kluczową kwestią jest ustalenie źródła środków składających się na bezzwrotną pomoc, czyli podmiotu, który ostatecznie ponosi ekonomiczny ciężar bezzwrotnej pomocy”. Wcześniej pogląd taki wyraził Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie, który wyrokiem z 13.06.2007 r. (I SA/Kr 1555/06) orzekł: „Artykuł 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych odsyła w sposób ogólny do środków bezzwrotnej pomocy. Stąd też uzasadnionym jest stanowisko, iż w istocie chodzi tu o pierwotne źródło, z którego pochodzi dochód. Bez znaczenia pozostaje okoliczność, czy środki wypłacane są bezpośrednio przez instytucje międzynarodowe, czy też następuje to za pośrednictwem podmiotów krajowych, w tym przy wykorzystaniu mechanizmu prefinansowania. Bez znaczenia jest również, czy środki wypłacane są bezpośrednio beneficjentom, czy też pośrednio, jako
refundacja wcześniej poniesionych wydatków”. Należy podnieść, iż wskazane stanowiska sądów nie są odosobnionymi, stąd nie prezentują niszowego – względem zapatrywania Ministerstwa Finansów – punktu widzenia. Jeśli zatem uznać, iż otrzymywanie środków z funduszy strukturalnych Unii Europejskiej uprawnia do zwolnienia z art. 21 ust. 1 pkt. 46 PIT, wówczas należy ustalić krąg podatników, którzy ze wskazanej preferencji mogą skorzystać.